Computational modeling of hormone- and cytokine-dependent proliferation of endometrial cells in 3D co-culture
该研究通过结合常微分方程与偏微分方程模型，利用 3D 共培养实验数据量化了激素和细胞因子对子宫内膜上皮类器官及基质细胞增殖的相互影响，并模拟了分子在 3D 培养体系中的扩散与摄取过程，从而为理解子宫内膜生理及病理机制提供了定量的计算工具。
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systems biology
138 篇论文
A stem cell aging clock links biological age deviation to clinical outcome in acute myeloid leukemia
该研究通过构建涵盖从胚胎发育至成年的单细胞转录组图谱，开发了基于造血干细胞衰老特征的机器学习时钟，并发现急性髓系白血病中反映“返老还童”重编程的转录年龄偏差（TAD）是独立于现有风险分层的强预后指标，能显著改善患者生存预测。
TRAILBLAZER: generative multicellular perturbation model of biology
TRAILBLAZER 是一种基于多细胞 Transformer 架构的生成式模型，它通过构建显式的超球体潜在空间来整合单细胞分辨率与多细胞组织上下文，从而实现了对干预措施的患者级零-shot 预测及免疫调节剂的排序，为治疗发现提供了机制感知的模拟框架。
A Unified Dynamical-Systems and Control-Theoretic Model for Single-Cell Fate Dynamics
该论文提出了一种统一随机动力系统与控制理论的模型，将拟时序、RNA 速度、最优传输及薛定谔桥等方法整合于部分可观测框架下，旨在从单细胞快照数据中构建可预测的细胞命运动力学，并将干预重新定义为以最小输入实现概率性命运重编程的控制问题。
Dissecting the Network Architecture of a Plant Circadian Clock Model: Identifying Key Regulatory Mechanisms and Essential Interactions
本研究构建了一个改进的植物生物钟数学模型，并通过多维度的计算分析揭示了转录抑制、蛋白质降解及光调控合成是维持该时钟稳健振荡的核心机制，阐明了以 CCA1/LHY 和 PRRs 反馈环为中心的层级网络结构。
Canonical Analysis of Fluorescent Timer-Anchored Transcriptomes Resolves Joint Temporal and Developmental Progression
该研究开发了 mCanonicalTockySeq 框架，通过结合荧光计时器锚定的信号历史与单细胞转录组数据，成功构建了同时解析 T 细胞发育进程与时间动态的联合状态空间，并实现了跨物种（小鼠至人类）的发育时序比较分析。
MICA: Model-Informed Change-point Analysis
本文提出了一种名为 MICA 的模型驱动变点检测算法，该算法通过结合二分法与遗传算法，最小化动力学模型模拟与观测数据间的差异，从而在无需特定统计假设的情况下，同时识别时间序列中模型参数的变化时机与性质，并广泛应用于流行病学及工业监测等场景。
GeNETop: Context-Specific Genome-Scale Constrained Models Using Network Topology, Flux Variability, and Transcriptomics
本文提出了 GeNETop 方法，通过整合网络拓扑、通量变异性分析和转录组数据，构建了能够兼容动态模拟且保留瞬态代谢转换能力的上下文特异性基因组尺度代谢模型。
Interpretable machine learning meets systems biology to decode genotype-phenotype maps
该研究通过结合可解释机器学习与系统生物学，成功克服了连锁不平衡对 QTL 解析的限制，不仅实现了高精度的基因型 - 表型预测，还深入揭示了包括 MKT1、IRA2 及 PDR8 在内的关键因果基因及其背后的分子机制。
A Multiscale Computational Architecture to Study Signaling Dynamics at Cell-Cell Interfaces
该研究通过整合宏观互作组学、原子级结构生物信息学与介观尺度随机建模，构建了一种多尺度计算框架，揭示了空间约束与结构相互作用规则如何共同调控细胞间界面处 FGFR1 信号复合物的动态组装与功能微域形成。
Expanding TheCellMap.org to visualize a genome-scale genetic interaction network for a human cell line
本文介绍了 TheCellMap.org 数据库的扩展，使其能够存储、可视化并交互式探索基于 HAP1 人细胞系的大规模 CRISPR 筛选所鉴定的约 8.9 万个定量遗传相互作用数据。
Informing agent-based models with spatial data using convolutional autoencoders
该研究提出了一种利用卷积自编码器将实验成像数据映射至共享潜在空间以优化基于代理模型（ABM）参数的框架，成功实现了跨多种模态（从合成数据到组织病理学图像）的肿瘤空间特征复现与机制解析。
BoolDog: integrated Boolean and semi-quantitative network modelling in Python
本文介绍了 BoolDog，这是一个用于构建、模拟和分析布尔及半定量生物网络的 Python 软件包，它支持同步仿真、吸引子识别、网络可视化以及将逻辑模型无缝转化为连续微分方程系统，从而实现了离散与连续建模范式的整合。
Multicomplex Integrative Structural Modeling of a Human Histone Deacetylase Interactome
该研究利用交联质谱与 AlphaFold 辅助的整合建模平台，成功解析了 HDAC1/2 在 NuRD、SIN3 和 CoREST 复合物中的组装机制，揭示了 HDAC1 C 端内在无序区在复合物中折叠成α螺旋的结构特征，并构建了包含多个无序区的完整 NuRD 亚复合物结构模型。
A stress-function tradeoff organizes epithelial heterogeneity across spatial scales in the human thyroid
该研究利用空间转录组学揭示了人甲状腺上皮细胞异质性并非主要由激素合成差异主导，而是由“活跃激素分泌”与“损伤响应”两种相互拮抗的转录程序构成的应力 - 功能权衡所组织，这一发现为理解重复解剖单元组织的异质性提供了通用框架。
The Female Biomarker Challenge: Sex-Specific Network Robustness Constrains Biological Age Estimation and Geroscience Trial Design
该研究利用 NHANES 数据证实，基于稀疏生物标志物面板的生物学年龄评估在预测死亡率和疾病方面优于实际年龄，但揭示了显著的性别差异：男性因生理网络敏感性更高而更适合作为抗衰老临床试验的初始队列，而女性因生理网络鲁棒性更强导致信号分散，亟需开发独立的女性特异性生物标志物面板以解决这一测量瓶颈。
Interactome mapping in human excitatory neurons reveals novel risk genes and pathways in Alzheimer's disease
该研究利用诱导多能干细胞衍生的兴奋性神经元构建了首个神经元特异性阿尔茨海默病互作组图谱（ADNeuronNet），揭示了包括 BIN1-RIN2 和 BIN1-APC/C-APOE 轴在内的新型风险基因互作及调控通路，从而深化了对该病分子机制的理解。
Mathematical Modelling of the Mitochondrial Dicarboxylate Carrier (SLC25A10)
本文首次建立了基于乒乓机制且热力学一致的线粒体二羧酸载体 SLC25A10 数学模型，通过贝叶斯推断校准参数，揭示了该载体在基质体积变化及琥珀酸脱氢酶缺陷等病理条件下的转运动力学及其对代谢稳态的调控作用。
1100 Synthetic Benchmark Problems for Dynamic Modeling of Cellular Processes
该研究通过扩展现有已发表模型，构建了一个包含 1100 个合成问题的数据集，旨在为系统生物学中动态建模算法的评估提供多样化且逼真的基准资源。
A high-throughput cost-efficient in vitro platform for the screening of immune senomodulators
该研究开发了一种基于多组学的高通量体外筛选平台，利用人源外周免疫细胞快速识别和表征免疫衰老调节剂，从而推动针对个体差异的抗衰老个性化治疗从实验室向临床转化。